Il Dipartimento di Filologia classica, Glottologia e Scienze storiche dell'Antichità e del Medioevo nasce il 15 dicembre 1985, con la originaria denominazione di Dipartimento di Filologia classica (D.R. 17.12.1885, n.267), dalla fusione degli Istituti di Filologia greca e di Filologia latina della Facoltà di Lettere e Filosofia e dell'Istituto di Lingua e Letteratura latina del Magistero dell'Università degli Studi di Cagliari. Nel proseguo degli anni il Dipartimento di Filologia classica ha goduto di nuove afferenze, che hanno portato a una sua espansione e a un progressivo potenziamento delle strutture e degli ambiti di ricerca. Nel 1993 afferiva al Dipartimento di Filologia classica il personale docente dell'Istituto di Glottologia, il che portava alla stesura di un nuovo regolamento e alla nuova denominazione di Dipartimento di Filologia classica e Glottologia (D.R. 15.02.1993, n.1804); a questa nuova struttura hanno successivamente afferito in un primo momento il personale docente dell'Istituto di Storia antica (D.R. 10.04.1997, n.1363) e successivamente parte dei docenti dell'Istituto di Storia Medievale (D.R. 23.03.1999, n.1193).
Si è giunti così alla attuale denominazione di Dipartimento di Filologia classica, Glottologia e Scienze storiche dell'Antichità e del Medioevo (D.R. 07.02.2001, n.1379), con i settori di Discipline glottologiche e dell'Orientalistica; Discipline di Storia greca e romana; Discipline di Storia medeivale; Discipline di Paleografia e Diplomatica; Discipline di Lingua, Letteratura e Filologia greca; Discipline di Lingua, Letteratura e Filologia latina..
A tutt'oggi afferiscono al Dipartimento 24 tra docenti e ricercatori, collaborano con il Segretario amministrativo due impiegati e altrettanti sono gli addetti ai servizi della Biblioteca.